Pro stažení jednotlivých funkcí a/nebo celého jejich repozitáře klikněte zde.
Pro hodnocení růstových trendů, intenzity klimatického limitování přírůstu a identifikaci extrémních růstových propadů pro nejvýznamnější druhy lesních dřevin na území České republiky byly vyvinuty specifické funkce, které tyto kroky automatizují. Jejich funkcionalita byla navržena pro zpracování letokruhových sérií (řad šířek letokruhů v jednotlivých letech) uložených v databázi TreeDataClim.
Poděkování
Repozitář obsahuje skripty a funkce vyvinuté v rámci projektu financovaného TAČR SS03010134 Databáze letokruhových chronologií jako nástroj pro evidenci a predikci reakce hlavních lesních dřevin na klimatickou změnu.
Vývoj modifikované verze procesního modelu tvorby dřeva VS-Lite byl do značné míry inspirován prací Dr. Suzan Tolwinski-Ward, především kódy původního modelu v jazyce Octave, které jsou k dispozici na adrese NOAA. Další funkce vyvinuté v prostředí R pro jednotlivé kroky zpracování dat a vykreslování grafů využívají několik veřejně dostupných balíčků. Autorům těchto balíčků děkujeme za jejich volné zpřístupnění.
Použití
Repozitář představuje kompilaci samostatných funkcí, které byly vyvinuty ke zpracování letokruhových dat podle metodiky projektu TreeDataClim. Jednotlivé funkce jsou v rámci repozitáře seskupeny v následujících složkách:
- Reductions: funkce pro identifikaci, vyhodnocení a extrapolaci událostí extrémního snížení růstu
- Limitations: procesní model dynamiky tvorby dřeva a jeho aplikace k hodnocení typu a intenzity klimatického limitování tvorby dřeva v měsíčním kroku
- Trends: funkce pro vyhodnocení růstových trendů a extrapolaci jejich prostorového rozsahu
- Misc (aka miscellaneous): funkce pro předzpracování dendrochronologických dat, vykreslování klimatických diagramů
Každá složka obsahuje samostatné soubory readme detailně vysvětlující postup použití jednotlivých funkcí. Většina funkcí byla vytvořena v jazyce R s výjimkou procesního modelu tvorby dřeva VS-Lite, který je napsán v jazyce Octave. Oba jazyky jsou open-source. Pro aplikaci našich skriptů doporučujeme používat nejnovější verze obou programovacích prostředí.
Funkce byly vyvinuty a testovány s ohledem na datovou sadu a metodiku TreeDataClim, tj. hustou síť časových řad šířek letokruhů na území České republiky. Jednotlivé funkce však lze přímo aplikovat na jakoukoli jinou oblast světa s dostupnými letokruhovými časovými řadami. Funkce analyzují růstové trendy, klimatické limitování přírůstu a prudké propady v přírůstu za období 1961-2010, které představuje v rámci TreeDataClim databáze optimální rovnováhu mezi počtem dostupných ploch a spolehlivostí klimatických veličin. Podrobnosti o požadovaných vstupech a způsobu použití jednotlivých funkcí jsou uvedeny jako anotace v konkrétním skriptu. Některé funkce vyžadují předchozí instalaci open-source balíčků a rozšíření jak v jazyce R, tak v jazyce Octave. Požadované balíčky a rozšíření jsou taktéž uvedeny na začátku každého skriptu.
Vstupní data
Jednotlivé funkce slouží ke zpracování letokruhových dat podle metodiky vyvinuté v rámci projektu TreeDataClim. Nároky na vstupní data a jejich očekávaná struktura se liší podle jednotlivých funkcí a jsou specifikovány vždy na začátku každého skriptu. Příklad struktury každého vstupního souboru naleznete ve složce Input. Tato složka obsahuje ukázková data ze 16 lokalit dvou druhů (Picea abies a Quercus robur) rozmístěných v severní části České republiky.
Kontakt, hlášení chyb
Jan Tumajer tumajerj@natur.cuni.cz
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra Fyzické Geografie a Geoekologie, Albertov 6, 12843 Praha, Česká Republika
Jakub Kašpar kaspar@vukoz.cz
Odbor ekologie lesa, Výzkumný ústav Silva Taroucy